Відповідно до п.9 Порядку: «Якщо платник податку не надав додаткових пояснень та копій документів на підтвердження інформації, зазначеної у податковій накладній / розрахунку коригування, комісія регіонального рівня приймає рішення про відмову в реєстрації податкової накладної / розрахунку коригування в Реєстрі протягом 5 робочих днів, що настають за днем граничного строку їх подання, визначеного абзацом шостим цього пункту, та надсилає його платнику податку засобами електронного зв'язку в електронній формі з дотриманням вимог Кодексу та Законів України "Про електронні документи та електронний документообіг" та "Про електронні довірчі послуги" за формою згідно з додатком 1 до Порядку №520».
Рішення комісії регіонального рівня про відмову в реєстрації податкової накладної/розрахунку коригування в Реєстрі може бути оскаржено в адміністративному або судовому порядку.